检测DNA甲基化的方法有很多种,在众多方法中,研究人员常常会使用到一项技术,那就是亚硫酸氢盐转化。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后用测序、定量PCR和芯片等分析来比较处理和未处理DNA的序列,就能确定哪些碱基是甲基化的。
重亚硫酸盐(HSO3-)可将未甲基化C转换为U,但不能将甲基化C转变为T。
DNA测序技术在重亚硫酸盐处理样本前后对DNA基因组进行测序,经前后序列比对可判别甲基化状态。
采用EZ DNA Methylattion-Gold kit进行Bisulfite处理
EZ DNA Methylation-Gold Kit是EZ DNA Methylation Kit的改进版。EZ DNA Methylation-Gold Kit将DNA变性过程和亚硫酸氢盐转化过程合成一步,使整个过程更快,可在3小时内完成。此步骤采用温度变性来取代之前方案中使用氢氧化钠的化学变性过程。转化之后,试剂盒可回收75%以上的DNA。
试剂盒的设计可以减少模板降解和纯化过程中的DNA损失,并且完全转化未甲基化的胞嘧啶,转化效率在99%以上。回收的DNA对于PCR扩增、限制性内切酶消化、测序、芯片等下游分析是很理想的。
若你的样品量很少,Zymo还提供了另外一个好选择——EZ DNA Methylation-Direct Kit。它能够彻底转化来自血液、组织、细胞、FFPE和LCM样品中的DNA,而事先无需纯化。这款试剂盒的灵敏度更高,即使10个细胞或50 pg DNA也能对付,DNA回收率在80%以上。与EZ DNA Methylation-Gold Kit一样,DNA变性和亚硫酸氢盐转化是一步完成的。
高通量测序数据日益加大,呈指数型积累上升,必须交由高速网络提速分析。
基于以色列Infiniband技术,惠研云构建优化了集群计算性能,使得计算IO提升300%,持续数据交互速率提高到2T总带宽,保证集群中任务与数据0延迟,无阻塞。